之后在前往椪柑岛的途中,小智拾到了一个装有写著寻求水晶大岩蛇信息的漂流瓶。他们来到了椪柑岛后,巧遇了漂流瓶的主人正美和她的哥哥阿功,正美介绍这里以玻璃制品而闻名,因为岛上盛产品质上乘的水晶,岛上的居民有许多是技艺高超的玻璃工匠,她的哥哥就是一名玻璃工匠。阿功说他虽然是一名工匠,但不是一名优秀的工匠,他做出来的制品不像他的爷爷那样富有灵魂,希望能像他爷爷那样,通过见到那只水晶大岩蛇来获得灵感。小智他们决定帮助阿功找到那只水晶大岩蛇。小智将波导范围开到最大,很快便找到了水晶大岩蛇,来到附近一座稍小的岛,就在小修准备使用瞬间移动带他们过去的时候,海水突然退潮,小岛和椪柑岛通过沙洲连接起来了。小岛上有一个被森林环绕的水晶洞穴,他们在洞口外看到了被自己的陷阱坑了的火箭队三人组,然后二话不说,直接打飞。走进山洞一看,整个山洞里都是水晶!看起来非常美丽,那只水晶大岩蛇就住在山洞的湖中,这样小智他们人感到很惊讶,莫非它免疫水!?水晶大岩蛇很快就从湖中出来,阿功派刺甲贝与它对战,但它竟然免疫水属性攻击!最终刺甲贝战败。阿功派他的搭档火恐龙出战,火属性攻击对它好像是效果群拔,火恐龙使出火焰旋涡包裹水晶大岩蛇,水晶大岩蛇因此全身被烧得通红,发出了红色的光芒,这道光芒给阿功带来了灵感,于是阿功放弃收服水晶大岩蛇,小修他们也放弃收服,就这样,带着阿功送给他们的他们三人的两个王牌的宝可梦的玻璃制品心满意足的离开。
三人在海上继续漂泊,向奈普鲁岛前进,却无意间被卷入漩涡,以小修他们的能力,摆脱漩涡是非常轻松的事,不过小智他们并没有这么做,因为漩涡的中央有座小岛,岛上有很多宝可梦,火箭队三人组刚好来到这座岛,为了防止那座岛的宝可梦受到危害,他们和火箭队三人组一块来到这座岛。来到这座岛后,三人很快便遇到了这座岛的君莎小姐,君莎小姐一开始怀疑他们是盗猎者,但很快他们便洗清嫌疑,君莎小姐向他们介绍着作平柑岛。平柑岛是宝可梦自然保护区,因为岛的周围被漩涡包围,再加上岛上又大部分都是悬崖峭壁,所以人们很难登上这座岛屿。在这座岛上生长着一种特殊的水果——平柑果,如果长期食用,那么宝可梦就会变成粉红色,所以岛上的宝可梦大部分都是粉红色的。但是,如果只食用少量的话,宝可梦身上只会有一处或多处变成粉红色,但一段时间就会褪去粉红色,变回原来的样子。也正因为如此,吸引了不少盗猎者的光顾,但都被这座岛上的唯一的人类,君莎小姐赶跑,她是这座岛的守护者,得知火箭队就在这座岛,于是和小修他们一起找到他们,并将他们赶跑打飞,为了表示感谢,君莎小姐亲自送他们离开,同时小修他们也想君莎小姐保证,绝不会向其他人透露这座岛的存在。
小智一行人乘坐拉普拉斯向下一个岛前进时,一艘快艇略过,差点撞到他们。跟随快艇,小智他们得知这是一个有乔伊小姐带领考古团队和电视台的记者来到富拉四号岛找寻化石宝可梦化石盔的化石。在进发的途中,似乎一直有人在暗中阻止考古队前往发掘。最后,小智抓住了这个搞破坏的人,一位住在隔壁岛屿的田索,他说这座岛上有一个古老的传说:小岛一被破坏,红色的月亮照耀的时候,海上就会被黑暗所笼罩,到时候马上就有天大灾难发生。他劝大家不要破坏小岛,否则会有灾难发生。但不听劝阻的考古队还是挖掘出了化石盔的化石,再加上火箭队三人组的攻击,天上的月亮果然依传说所言变成了红色,化石盔们都复活了,由于岛屿是筑在化石盔上,化石盔的复活也使整座岛屿坍塌。小修他们带众人回到快艇,离开富拉四号岛,逃离了坍塌的小岛,化石盔也离开小岛寻找下一个它们沉睡的地方。电视台的记者经过这件事决定不再报道有关化石盔的事情了。
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