在艾尔上,星灵的最高议会与塔萨达尔的远征舰队失去了联系。他们当机立断地任命年经的圣堂武士阿塔尼斯取代塔萨达尔的执政官职位。阿塔尼斯和他的盟友们(包括终身为星灵效命的勇猛战士执政官芬尼克斯)试图击退异虫,但他们却陷入了苦战。
在查尔的塔萨达尔终于联系上艾尔,并且传递了一项重要的讯息:异虫的脑虫一旦被杀死,成群的异虫就会因此而陷入无人控制的狂暴状态。艾尔的守军试图杀死一只入侵的脑虫,但却失败了。而当最高议会得知塔萨达尔在查尔上与黑暗圣堂武士结为盟友后,塔萨达尔随即被他们安上了异教徒的罪名。芬尼克斯和阿塔尼斯在艾尔各地区展开艰苦的战斗,星灵节节败退,而芬尼克斯更是在安提奥克抵抗异虫的战役中不幸阵亡。
星灵在查尔和塔萨达尔会合,但并不是为了召回他的部队一同作战,而是为了撤除他的执政官职位并且逮捕他。他们下令将塔萨达尔带回艾尔受审,但塔萨达尔将他的发现告诉了他的族民:黑暗圣堂武士的虚空灵能可以一劳永逸地杀死脑虫。他说服阿塔尼斯救出在查尔被帝国囚禁的泽拉图,并且会同黑暗圣堂武士一起对艾尔上的脑虫发动攻击。阿塔尼斯带领卡莱星灵和泽拉图的部队回到艾尔,但当黑暗圣堂武士出现在星灵母星上时,却引发了骚动与星灵的内战。
为了战胜异虫,塔萨达尔试图推翻最高议会,但他同时却又不愿见到更多的族民为此而牺牲,因此最终把他自己交由议会来发落。尽管议会囚禁了塔萨达尔,但吉姆?雷诺和芬尼克斯(他后来被重新改造为战争机器龙骑士)却救出了他,此时塔萨达尔决定对主宰发动攻击。塔萨达尔用泽拉图教导他的方法,同时引导黑暗圣堂武士的虚空灵能以及艾尔灵的卡拉能量,驾驶他的旗舰对主宰展开自杀式攻击,壮烈牺牲的同时也消灭了主宰。
二、母巢之战
(一)背水一战
主宰死后虫群陷入了混乱状态,但它们仍包围着艾尔。艾尔的星灵将部队撤离至黑暗圣堂武士的母星萨古拉斯备战,并且努力尝试将两个族群合而为一。萨古拉斯黑暗圣堂武士的精神领袖,女族长拉莎加尔欢迎这些曾为同一族群的盟友来到她的星球,但却无法为他们提供安稳的环境,因为异虫并非只攻占了艾尔,由脑虫达格斯控制的另一支异虫群落也入侵了萨古拉斯。
结盟的星灵联合双方的力量试图消灭入侵萨古拉斯的异虫,但异虫的数量远远超过他们的联军。奋力抵抗异虫入侵的同时,他们得到了出乎意料之外的援助刀锋女王,凯瑞甘。她来到了拉莎加尔在萨古拉斯的根据地,并且发誓已脱离主宰的掌控。凯瑞甘希望星灵能帮助她杀死目前正在查尔上成长茁壮的新主宰,而作为交换条件,她可以帮助星灵消灭在萨古拉斯上的达格斯群落。她会协助星灵取得一对凯达林水晶,这件水晶神器能够启用萨尔纳加神殿所储存的能量,进而消灭虫群。(萨尔纳加是被星灵奉为造物主的古老种族)
泽拉图、芬尼克斯和阿塔尼斯认为与刀锋女王合作的后果堪忧,但拉莎加尔却愿意对凯瑞甘的计划做担保,于是勉强合作的双方开始分头寻找两块水晶神器。星灵与凯瑞甘的异虫联军从帝国的研究员手中取得了第一块水晶,并且从查尔上正在成长茁壮的主宰周围的野生异虫群落中取得另一块水晶。然而当他们正忙着寻找水晶下落的时候,反对异虫和黑暗圣堂武士合作的执政官阿达利斯开始怀疑女族长拉莎加尔,并且率领一群拥有同样想法的星灵士兵对抗拉莎加尔。星灵的先锋军击溃了阿达利斯的叛军,并且抓住了他,但正当他要说出为何怀疑拉莎加尔的时候,凯瑞甘却处决了他。
愤怒的星灵把刀锋女王逐出了他们的星球,并且在萨尔纳加神殿中心启动了凯达林水晶。神殿发出了一道强烈的冲击波横扫整个萨古拉斯,消灭了星球上的所有异虫。
(二)重拳铁腕
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